L'unité est structurée en 4 équipes scientifiques (3 équipes scientifiques et 1 équipe d'ingénierie), 3 pôles techniques d'appui à la recherche et 2 ateliers (ou axes) qui assurent la transversalité entre équipes ou entre équipes et pôles techniques.

Les trois équipes scientifiques sont organisées suivant les trois principales fonctions du paysage étudiées :

• Devenir de contaminants des sols et des eaux
• Ressource en sol sous changements globaux
• Ecohydrologie des agrosystèmes

L'équipe d'ingénierie "OpenFLUID et ingénierie pour la modélisation des paysages" a pour mission de développer, valoriser, diffuser la plateforme de modélisation de flux dans les paysages OpenFLUID (actif stratégique INRAE) mais aussi d'apporter les compétences requises en calcul et méthodes numériques pour le développement des modèles mécanistes de l'unité.

Trois pôles techniques sont en charge d'appuyer sur le plan administratif, sur le plan instrumental et sur le plan des systèmes d'information, les activités scientifiques du laboratoire.

Deux ateliers transversaux (AT) aux équipes et pôles complètent cette structuration :

• L'atelier transversal "Agroécologie des paysages" a une fonction d'animation transversale aux équipes de l'unité et d'organisation des travaux qui confrontent les fonctions principales étudiées par chacune des équipes. Suivant un fonctionnement par feuille de route évolutif, une des priorités de cet atelier est de re-visiter la stratégie à 5 ans de la production de modèles de l'unité, de leur couplage et de leur capitalisation en lien (non exclusif) avec la plateforme OpenFLUID.

• L'atelier transversal "Expérimentations et observations innovantes" a une fonction d'animation transversale entre équipes scientifiques et les pôles techniques de l'unité, en lien avec l'environnement extérieur à l'unité (FabLabs, réseaux dédiés) pour organiser les travaux d'innovation en métrologie, sur les systèmes d'observation, sur les protocoles expérimentaux dont une des premières applications peut être le déploiement sur l'Observatoire OMERE.

Enfin, l'Observatoire de Recherche en Environnement (ORE OMERE), bi-sites au Nord et Sud de la Méditerranée (France-Tunisie), n'est pas une structure propre au LISAH, mais est un élément important de structuration des activités de l'unité (2 co-animateurs d'ORE, 2 co-responsables de site).